A: お問い合わせありがとうございます。
リアキャリアですが、下記のモデルがお薦めです。
シートとキャリアが干渉しますので、シートの交換もしくは、シートとキャリアが干渉する部分にスペーサーを入れるなど必要となります。

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モンキーリアキャリア純正タイプ仕様NO0842
http://minimoto.jp/index.php?main_page=product_info&products_id=537
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スイングアームの交換ですが、16cmロングスイングアーム車ですので、同じく16cmロング仕様のアルミ製がよろしいかと思われます。
またリアショックは330mmがお薦めです。ショックはカラーなど多数ありますので、カタログもしくはサイト上で比較していただき、お尋ねをいただければ、乗り心地などをお伝えできます。

リアフェンダーですが、16cmロング用がありません。板状のフェンダープレートはございますが、あくまで気休め程度の雨水跳ね上げ対策品となります。